shiky, на ФКН есть курсы от M$. На физфаке вроде есть курсы Cisco. По поводу линукса, насколько я знаю, курсов нет, да и вообще у каждого второго ФКНщика спроси "что такое линукс?" - он сделает круглые глаза.
Лучше всего самому, можно по книгам.
книги по администрированию посоветовать хорошие не могу... к сожалению. но можно поискать.