[Autor FAQ]

Подобный звук может издавать ведомый диск сцепления при наличии трещин и расслоений в накладках или повреждений в самом диске, а также просевших заклепках(или некачественной клепке новых накладок). Зависимость уровня от оборотов именно такая. Выжимной - тоже еще тот парень. Пружинки паучка с трещинкой петь могут очень похожие песни. Да и в целом, есть ли уверенность, что звучит именно коробка.

В отношении подшипника первичного вала - весьма и весьма, несмотря на переборку и замену. Причем беда м.б. не только в самом подшипнике, а и в посадочных местах самого вала - изношено сильно. При переборке на это должны были обратить особое внимание, как и на главную передачу. Если вал не в люлю - не факт, что его надо менять, можно попытаться подобрать под него подшипник на рынке. Вероятность успеха - 50-50.

Про уровень и качество масла, наверное не надо говорить - все понятно. Если пробег у коробки свыше 100000, то можно попробовать залить не моторное масло, а что-то немного погуще, например синтетику-трансмиссионку, или моторное масло вязкости 20W50, хотя дорогой эксперимент, конечно, и не факт, что поможет. Расход бензина также может вырасти на 1-2-5% в зависимости от изношенности шестерен. Присадки на неприкатанные еще подшипники - рано лить, тысяч через 5000, не ранее.
Начать можно просто - слить масло; промыть коробку да хоть и веретенкой, но специальное масло - лучше; потом залить свежее на 300 мл больше, чем положено. Если звук уйдет, то повторить процедуру через 2000, потом еще через 5000, потом каждые 10000. Если не уйдет, видимо надо задуматься о ремонтниках и перебирать и коробку и сцепление в другом месте.