29 мая 1942 года на территорию СХИ упала первая бомба. 3 июля вечером был получен приказ об эвакуации.
Из воспоминаний Клавдии Генриховны Гапоненковой
В 1942 году начались бомбёжки. Помню, как моя дочка Стася гуляла во дворе, а я увидела летящий самолёт. Скорее схватила её и спряталась в доме. Во дворе было бомбоубежище на месте теперешних погребов. Кроме того, каждая семья вырыла себе яму, в которой пряталась. У нас в яме была скамейка и ведро с водой. Во дворе дежурил человек, который всем стучал в двери ночью и заставлял выходить в бомбоубежище. Сначала мы выполняли его приказания, но потом выходили не всегда: ночью с детьми выходить не хотелось. Особенно страшная бомбёжка была 2 июля 1942 года. ... А 4 июля утром мы убегали. Во двор въехала подвода, и мы погрузились. ...
Из воспоминаний Людмилы Павловны Подгорной
Хорошо помню 3 и 4 июля 1942 года. 3 июля было распоряжение горкома партии не создавать паники и не эвакуироваться. Но когда мы узнали, что в учхозе уже немцы и хотели об этом сообщить в горком, то там никого не было: все эвакуировались. 4 июля мы видели из окна Дома, что по полю двигалась отступающая наша армия. Мы уезжали второпях. ..
Из воспоминаний Ксении Николаевны Успенской
Я хорошо помню обстановку в районе СХИ в 1942 году. Видела атаки, которые предпринимали фашисты. Мы с подругами выглядывали из своих укрытий и наблюдали за боем. Помню, как горел главный корпус института, в дыму были 2 и 3 этажи. Штаб советских войск находился в химическом корпусе. Мой отец Н.А. Успенский не эвакуировался, т.к. ему нужно было спасти свои научные труды по селекции. В ночь с 9 на 10 июля он пошёл на командный пункт и убедил командира в необходимости сохранения своих записей. Он сказал, что у него в подвале спрятан от бомбёжек архив с записями по селекционной работе, которую он вёл многие годы. Командир дал команду, и немцев выбили из корпуса. Архив удалось спасти, благодаря этому отец после войны продолжил селекционную работу по созданию сорта ржи, за что он был удостоен Государственной премии. Военные помогли нам эвакуироваться. Догнали эвакуированных работников СХИ и их семьи в Грибановке, где формировался эшелон. Годы эвакуации прошли в городе Камень-на-Оби.
К вечеру 8 июля озверелые полчища фашистов ворвались на территорию институтского городка. Дом и прилегающая к нему территория оказались оккупированными фашистами. Напряжённые бои за освобождение территории Воронежского сельскохозяйственного института вели бойцы 303-й стрелковой дивизии под командованием генерал-майора П.Зыкова. 10 июля была освобождена территория СХИ. Однако враг вновь перешёл в наступление и захватил институтский городок. 18-19 июля территория СХИ была освобождена от врага. Стрелковая дивизия в течение 6 месяцев упорно обороняла институтский городок, несмотря на попытки гитлеровцев вновь захватить его здания. Битва за СХИ была нелёгкой, она стоила бойцам дивизии больших усилий и жертв. В помещениях Дома располагались наши солдаты.
Сам Дом сильно пострадал от этих боёв: южная половина его была полностью разрушена, в северной части сохранилась коробка и некоторые перегородки, на стенах и полах были видны следы пожаров.