Во первых аутентификация в домене в native mode происходит по Kerberos // А не NTLM ( хоть 2
).
По сути вопроса :
Да дело собственно не в Осьминоге.
А в Самбе , дядя Билл сделал свойю реализацию Kerberosa в Windows , и ее нельзя ипользовать в отличных от Windows системах .
потому до сих пор САмба не может работать с 2k доменом находящемся в native mode /
ИМХО .