по мне проще поставить форточки, а потом - линуху. Загрузчик GRUB.
НО если уж такая необходимость возникла - запустить из boot.ini, то:
1. Ставим линух в ее раздел /если еще не стоит

/
2. Загрузчик выбираем LILO, ставим его не в MBR, а в BR того раздела, который у нас помечен как загрузочный, т.е. =
/
3. Запускаем линуху, снимаем копию загрузчика /512 байт/ в файл командой типа:
dd if=/dev/
hda of=/mnt/floppy/linux_img bs=512 count=1
ЗЫ:
-вместо
hda пишем тот раздел, на котором линуха;
-вместо floppy вписываем обозначение флоповода, которое принято в Вашей версии линухи /fda, fd0.../;
-linux_img = это имя файла /можно задать свое/, который будет на флопе. Копируем этот файл на раздел, с которого начинает грузиться винда и в BOOT.INI прописываем соответственно строчку с указанием этого самого файлика linux_img.
ЗЫЫ: пингвинятники, сильно не пинайте, потому как сам не сильно шарю еще