Логика в статье есть. Акции, согласно НК и ГК, действительно являются имуществом и это неоспоримо, а в подп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ нет формулировки типа "действия настоящего пункта на акции не распространяется". Посему, подавайте декларацию исходя из этой точки зрения. В случае своевременной подачи такой декларации никакие финансовые санкции в виде штрафов к вам не могут быть применены. Если налоговая не согласна - нехай поет в суд, а там вы с ней и разбирайтесь. Отзыв на иск у вас уже есть
ИМХО, хороший шанс выиграть дело. Хорошо бы арбитражную практику на этот счет посмотреть, но с учетом ночи и сложного дня, лень.