Как правило система зависит от требований и структуры процессов.
посмотри в сторону docsvision (вопрос с ЭЦП решен , несколько вариантов ЭЦП,
http://www.docsvision.com/ ), кстати в воронеже этим занимаемся как раз мы. как вариант -
http://www.1c.ru/rus/products/1c/pre...lutionID=50014 , но с крипографией сам понимаешь никак ибо 1с, можно еще посмотреть продукты Интелев.
Рекомендую описания внедрений посмотреть на cnews.ru