Поверь ACPI и APIC ,все включено .
Железки вещь коварная .
Был случай: после смены вентилятора кулера видюхи винт внезапно перешел в режим PIO из UDMA 5
Все решилось просто переустновкой primary и secondary контороллеров .
У тебя же проблема скорее всего кроется в BIOS (частенько настройки вылетают при смене какой либо железки )
Сделай load otmized default ,затем настрой все .
С железом кстати все аккуратно проверь .