DeniSS1,
Уравнение Шрёдингера - вот, в принципе, вся математика для того что вы хотите. Численный метод решения для всей этой байды с какой-то точностью - и у вас в руках тот самый "эмулятор бытия". Только есть проблемы: какая должна быть точность, чтобы поваренную соль от цианида отличить? Точное решение есть пока только для атома водорода, на более сложные элементы не хватает вычислительных ресурсов.