Это называется - " не в службу, а в дружбу"
И тебе сразу от этого как бы должно стать легче, ну типа начальник твой друг и все такое...

А если серьезно, то все зависит от контекста, в котором тебе эту фразу преподнесли, и от отношений с начальством...
Иногда бывает, что отношения с начальником дружеские, но ему нужно на тебя свалить какую-то работенку (и причем больше не накого), а ему не удобно тебе это в приказном порядке "зарядить", не хочет с тобой отношения портить и тп, вот и пытается подойти как-нить с другой стороны, в хорошем смысле этого слова

Ну а если с директоратом не дружишь, а тебе заявляют типа "за пивком сбегай, ну не в службу а в дружбу", вот тут нада сразу на }{уй надо посылать... и вообще работать при хреновых отношениях с начальством не стоит, лучше сразу место работы менять... ИМХО конечно...
...хотя... за пару штук баксов, я готов грызтся с кем у годно по 10 раз на день